当社の現在の宮地は、大古邑久郡の中部一帯が海であった時、小高い砂地であり海の中の浮地であった。その中に１本の松が挺然屹立し、その浜辺に打寄す白波は日の出を受け、月光麗朗影を描き黄金色をなし、瀬戸内を航海するものの霊場として、海上安全の神・尾張連の祖、高倉下命を祀った。
　当時、瀬戸内海交通最大の障害は霧であった。その霧を払うために祀られていたと想像される。
　現在の百枝八幡宮が尾張の総氏神として鎮座されたのは、宝亀２年（772）に高砂山系の早稲田の里、休所（現在の山手半田）に鎮座されていた正五位下稲戸明神から奉遷された。古文書によると、当時はその老木の枝が百枝もあることから「金海百枝松八幡宮」と称されていた。