和銅年間に、出雲大神を勧請したと伝えられている。延喜年間に洪水で、字田中（現御旅所）に社殿を移転したが、文禄年間に又洪水に遇い、卜いにより現宮地に移転した。その後慶長年間に今度は火災に遇い、４度に亘りご社殿を再建立したことになる。
当社は元真島郡の総社であったが、明治１２年奈加神社と改称したが、昭和１５年総社を復称した。