当社は、古来山王権現と称し、平安時代の頃から江戸時代の中頃まで、この地が旭川利用の起点となって交易が盛んに行われ繁栄がもたらされたので、航行守護(交通安全)の神として広く信仰された。
　昭和４７年の発掘調査では、平安時代初期と考えられる特異の井戸から高瀬舟の木製模型品や斎串（イミグシ）・皇朝十二銭の隆平永宝（796～800）更に弥生時代後半の井戸から小型銅鐸・丹塗り等の土器・各種の木器類など多量の遺構･遺物が出土しており、高瀬舟の上限年代を示すものであり、水にまつわる祭祀形態を物語っている。
　江戸時代に至り勝山藩主三浦氏が社殿の造営等を行い、歴代の崇敬があった。
　明治４年三柱神社と改称し、明治１４年村社に列格。昭和４年神饌幣帛料供進神社に指定される。