由緒

　寿永元年（1182）に近江国観音城主佐々木（左衛門尉）定綱が軍功により高倉院から、巨勢金岡筆の八幡大神の画幅を賜わり、守神として代々奉斎した。
　その子孫が建武３年（1336）穴門（穴斗）郷を領するに至って、長門守経貞が菖蒲城出城民衆の氏神とし当社を創建した。その後永正１１年（1608）現御神体に改め、元禄１１年（1698）に亀石八幡宮と改称した。明和元年（1764）に現御本殿を改築。（当時、現御本殿は１本の大きな欅の木を木取りして建立されたため「１本欅の宮」として有名であった）
　明治４２年、鎮護神社他１９社を合祀し、その後１１社を加え現在３０社が合祀神社として御相殿に鎮祀されている。合祀神社の中には、病気平癒の神として知られている少名毘古那神を奉斎してある神社もあり、当病平癒の御神徳高い宮ともされている。
　昭和１１年、神饌幣帛料供進神社に指定された。