古書に観応三壬辰十一月建立とある。初め日吉権現と称したが、明治維新の神仏分離に際し、権現呼称の禁止により大己貴神社と改めた。古書に延宝四丙辰正月、柱立棟上御遷宮二月二十七日とある。石鳥居には文化元年の彫刻がある。天明五年再建立の棟札がある。享保六年丑壬七月、寺社御検地により確認された。昭和三十六年十一月改築遷宮を行った。