往昔、本神社の外、北ヶ市、殿ヶ市にも各一社鎮座していたのを天文二年、本神社に合祀し三所大明神と奉称した。慶長元年、元禄十四年に社殿を再建した。本神社の別当職は十輪院（真言宗）であったが、寛政の頃から神職の司掌する所となった。