創建不詳。明治維新後、従来の社名「神武皇帝宮」「神武天皇宮」または神武天皇神社・神武天皇社を改めて高島神社と改称した。明治十二年官幣大社創設を請願した。同十四年内務卿から太政官に伺い出て允許により、お手植の榊を植え、玉垣を建造し、官有地に編入した。