当社は、石蓮寺の山頂金堂跡に祀られており、建久６年（1195）頃の創建と伝えられている。
　祭神は大山咋命である。昔は山王宮といった。鳥居の額にいまもその名が刻まれている。本殿は流れ造り一間社で、末社には「稲荷」「龍王」「荒神」「祇園」「愛宕」の各社を祀っている。
　平満山石蓮寺は、奈良時代に報恩大師が建立した備前４８ヵ寺の一つといわれる。古代中世に栄えたが、近世初期の寛文年間に廃寺となった。金堂跡は現在日吉神社のあるところで、境内に数個の礎石が見えている。
　神社のすぐ近くに石蓮寺の十三重層塔があり、岡山県の重要文化財に指定されており、広く一般に知られている。
　日吉神社の周辺は、近年「みんなの森」として整備され、自然を満喫できる遊歩道や展望台がつくられている。展望台からの眺めは抜群である。