本神社の創建年月は不詳。明治六年三月村社に列格した。口碑によると、芳谷の山上滝ノ城の城主伊賀左衛門が、本神社を守護神として勧請したが、落城の後、芳谷の部落民が鎮守の神として尊崇した。旭川通行の船が、真下の坊主岩でしばしば難破するので、占ってみると、櫂の音が神慮に触れるためであったので、恐懼して北東部の閑静な現在地に、河を背にして遷座したとの言い伝えがある。