当社は、江戸末期の文化文政時代に再興された。
　古老の伝承では源平の戦の時、平家によって焼かれた東大寺を再建した俊乗房重源が備前を東大寺造営科国とし、国司として赴任した際、当時の吉備津宮に阿弥陀仏を祀り、常行堂（建久年間）を建立したが、その常行堂の両脇に守護神として尾上と西辛川に八幡宮を建立したと言われている。
　現在、常行堂のあったと思われる場所の延長線上に両八幡宮が建立されている。
　江戸から明治にかけては、八幡大菩薩の舎として地域住民に信仰され、明治政府の神仏分離策により神社となり、明治１２年９月１４日村社に列格した。