往古越後国芳賀郡芳賀村から、御祭神をお迎えした時からこの村を芳賀村と呼び、御社殿を創建して疫神社と奉称した。宝暦二年に御社殿を改築した。当時兵乱があって拝殿と古文書を焼失したとの口伝がある。明治二年に社号を素盞鳴神社と改称し、御本殿の屋根を銅板に葺替えて現在に至った。