本神社は延宝４（１６７６年）年９月６日の創建で、社号を別浦海龍王と称えていたが、明治２年５月に別浦海神社と改称した。明治４年９月１６日に本殿を、明治３０年４月に拝殿を改築している。昭和２年１１月に神饌幣帛料供進神社に指定せられた。