嘉吉元年（１４４１）美作国主山名忠政が鶴山城を築いたときに、鶴山桐の段にあった八幡宮を国分寺村亀ケ岡に遷し、亀岡八幡宮と称し山名氏の祈願所とした。その後慶長９年１６０４）森忠政が入封し、城を改築した際に本神社を修覆している。元禄２年（１６８９）家老長尾隼人勝明に命じて社殿を再建したのが現在の御本殿である。明治３年１２月、産土五霊神社を境内に祀った。明治４年に金古神社と改称、同６年村社に列した。同２１年五霊神社を合祀、相殿に祀った。同２２年山神社を合祀。大正１０年神饌幣帛料供進神社に指定せられた。