本神社の創建年代は詳かでないが、棟札によると、国主森内記帳継が寛文九年十一月に社殿を再建した。天文の頃、領主河本豊前守が大井庄・南方庄薪郷等を領し、自から神主となり崇敬し、子孫が奉仕したと伝えている。慶応三年六月河本村天満宮を本神社に合祀し、明治維新のとき高山神社と改称し、村社に列した。