創建年代は不詳である。承久三年後鳥羽上皇が隠岐に御遷幸の途次、神戸郷院庄に御駐輦あらせられた時に、后宮が御病気に悩み給わったので、上皇は后宮の病気平癒祈願の御親祭のため、諸神勧請の神社であると伝えている。寛文四年国主森長継が現在地に御遷座し改築した。明治六年二月村社に列した。明治四十年五月二十二日神饌幣帛料供進神社に指定せられた。