当社の創建は不詳であるが、古来出雲国から京都に通う道があり、出雲国意宇郡熊野大神の幣を山伏がこの地の山腹に勧請し、荒神社と称した。また村名を神名により荒神山村と名付け、一村の氏神とした。
　元弘の変に敗れた後醍醐天皇が隠岐に流された時、神社前で乗物を駐め参拝されたと伝えられている。
　元亀元年、宇喜多直家が美作地方を攻めるにあたり、神社の山頂に荒神山城を築き、武将花房助兵衛職之に６００の兵及び供田等を寄進し、深く崇敬して城内の鎮守とした。
　文禄から元和年間には松江城主堀尾父子及び松平氏等参勤交代の往復には必ず乗物を駐め参勤の安全を祈ったとされる。
　寛永以来、津山の城下町ができ、山陰の人々は城下町を通行するようになり、旅客が絶えていった為、享保年間以降は神社を改築する毎に規模を縮小し、現在の規模になった。
　明治６年熊野神社と改称する。