当社は、秦氏の祖霊社として、欽明天皇の御代、錦織古宮跡に建立されたのが創始で、その後、崇道天皇を始め素盞嗚尊を併せ祀っていたが、寛文７年、領主森長継公の臣、喜代須源右衛門が主命に依り、現在の地に奉遷した。
　明治６年　　村社に列格
　明治１１年　２１社を合祀
　明治４０年　神饌幣帛料供進神社に指定
　大正１３年　郷社に列格
　秦氏は、秦の始皇帝の末裔であり、来朝帰化して、世々この地に住んで養蚕・機織・裁縫等の技術を伝へ、絹織物の一部は必ず朝廷に献上する等、朝廷の信望も厚かった。当社の近くに、絹屋敷・倉番・仕官谷等、往時を偲ぶ遺跡があり、そこで錦を織ったことから、錦織の地名が発生した。
　往昔、此の地に赤痢疫痢等悪病発生した時、当社に祈願すれば直ちに治癒すると言う故事がある。この事実が近隣に伝わると、入氏子として近隣近在から当社の氏子となる者、その数２千有余人に達した。故に、錦織神社は疫病除の神様として崇敬を集める。